对于保障性住房面临的困难，全国人大常委会保障性住房建设专题调研小组认为问题主要出在规划摊子铺得太大，地方资金配套难以跟上。
不少地方的项目配套资金、征用土地等，至今还没有全部落实。一些地区摊子铺得过大，有的城市提出2008—2010年新建廉租住房16万套，占全市居民总户数的三分之一，今年新建廉租房规划就占全省规划的72%。
与此同时，不少地方财政资金配套困难。有的省份中央补助12.93亿元已全部到位，而地方需配套的67亿元却难以落实。按照全国人大常委会的观点，地方财政的缺失确实是保障房制度的短板：根据今年国家下达的保障性住房建设计划，全国需要投入1676亿元，其中，中央投入493亿元，占29.4％；地方配套1183亿元，占70.6％。但在企业经营困难、地方政府严重依赖土地财政的2009年，地方政府难以成为住房保障的财政主力。
某研究院指数研究中心副总经理张化学认为，从财政支持来看，中国保障性住房建设缺乏长效的资金支持机制，不仅缺乏政策性住房金融体系，而且财政收入支持保障性住房的比例也没有通过法律法规固定下来，资金来源随意性强，缺乏稳定性。
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