6月25日，福建省爱卫会发出“关于突击开展环境卫生整治运动的紧急通知”。南平市爱卫会迅速发动群众，清除受灾街道、村、院落、圈舍等场合的污水、污泥、垃圾、杂物，开展环境消杀灭和除“四害”运动，做好室内外卫生。据初步统计，已组织人员清算淤泥、垃圾1.5万多吨。
卫生监督机构对受灾地区环境、餐饮单位、学校、医疗机构、灾民临时安置点进行消毒、杀虫、灭鼠等卫生处理，防止疾病传播，并在每个社区卫生服务中心(站)或乡镇卫生院及重点区域设立96个消杀药品配送发放点，统一配制发送消杀药品。
三明市在洪水退后组织了1.7万多人次开展环境卫生整治，清算室内外淤泥面积3284.3万平方米，清运淤泥及垃圾2926吨，疏通沟渠26950米。同时，开展卫生消杀灭工作，已分辨应用消毒剂10.63吨和杀虫剂7.08吨，累计消毒面积达1192万平方米、杀虫面积达518万平方米。
泰宁县上青乡卫生院院长吴辉勤说，乡镇重要街道淤泥清算干净了，已经用漂白粉、杀虫剂敌敌畏全面消杀了两次，学校、灾民安置点等重点地区消杀了三次。同时，挨家挨户地发放了漂白粉精片，进行饮用水消毒，消毒很彻底。
启动卫生应急系统 开展灾后疫情监测
福建省卫生厅在灾情产生后，加强对灾区甲乙类沾染病的监测，重点监测霍乱、甲肝、痢疾、伤寒副伤寒、乙脑、手足口病等沾染病，履行日报告和零报告。在原有沾染病监测的基础上，加强疾病早期预警，增加疾病症状(发热、腹泻)的快速监测。同时，加强灾区蚊、蝇、鼠密度监测，在南平、三明、龙岩增设9个监测点，每日报告监测情况。
三明市启动了卫生应急监测系统，从6月21日起，全市履行沾染病疫情“日报告、零报告”制度，疾控机构履行24小时值班，密切关注霍乱、钩端、乙脑等与灾情有关沾染病。目前，全市未报告沾染病疫情、食物中毒等突发公共卫生事件。
南平市卫生局全面履行灾后疫情零报告和日报告制度，开展沾染病疫情和突发公共卫生事件监测、报告工作。目前，未接到有关沾染病疫情和突发公共卫生事件的报告。
强化卫生防疫宣传 进步群众防病意识
灾区防病，不仅需要专业卫生人员的防疫工作，还要进步群众防病意识，进步自身防御的才能。记者在灾区采访看到，“不吃变质食品，煮熟煮透食物”、“不买不吃病逝世家禽和畜肉”等宣传标语随处可见，墙上还张贴着“灾后防病请您做到8点”等宣传灾后防疫知识的传单。
据福建省卫生厅介绍，卫生部门组织了专家参加电视访谈，介绍灾后防疫防病常识，领导灾民健康生活；编印发放卫生科普宣传小折页91万份；在电视上滚动播放灾后防病健康知识提示，向南平、三明、龙岩、福州等地群众发送卫生防疫公益短信1000万条。
三明市履行县、乡、村三级医疗预防保健网及各级医疗防疫队分片负责制度，持续宣传洪涝灾害可能造成的公共卫生迫害和灾后容易产生的疾病及卫生防病知识，领导灾区群众自觉养成良好的个人卫生习惯。
南平市延平区茫荡镇卫生院院长吴樟旺一边组织人员发放消毒药品、宣传材料，一边耐心教居民或企业单位工作人员怎样对生活环境进行消毒。他说：“灾后防疫是一个漫长的过程，只有全民设防，才干真正有效的预防灾后疫病。”
据南平市卫生局介绍，该市已累计发放宣传材料18万张，重点宣传沾染病防治、灾后食品安全、饮水卫生知识，使灾后卫生防病和饮食卫生安全知识家喻户晓，进步群众灾后自我防病意识和才能。
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