明清以来，封崇寺历经几次战火损坏，最严重的一次产生在太平天国攻占南京期间，住持炳炎不肯向太平军屈服，一把火几乎将封崇寺烧光，自己也同时殉难。同治年间，封崇寺才得以重修。尽管如此，封崇寺一直都是南京城南名气远播的名刹古寺，每年的“腊八节”，封崇寺僧人化缘施粥，接济百姓，一直传为美谈。
1945 年，因为寺中产生过一次火灾，由于周围都是窄街陋巷，救火车没措施进来，以致封崇寺寺建筑付之一炬，只剩下了这一点残迹。2005年，记者曾经寻访过封崇寺遗址，当时只找到了寺内二进旁殿僧房和两棵古松树，保存在下岗工人王建宁创办的一座老年公寓里。即便这一点遗迹，在2006年的拆迁中，也令人遗憾地已经完整消散。
业内人士告诉记者，如果这次考古队员找到的真的是封崇寺，那应当是封崇寺早期遗址，这对于研究南京佛寺历史将具有重要价值。而宋代古寺遗址上为何有六朝砖井，这个谜团也有待考古人员解谜。
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