有很多人支持方舟子，包括一些自称原本反感方舟子的人。
为声援方舟子，8月30日，“反伪科学斗士”司马南自称“在悲愤状态下急就”了一篇博文，称“如果我是‘中国最大媒体’《感动中国》的总导演樊馨蔓，看到这两件同一天里发生的事，我会难过地闭上眼睛，摸着自己的良心真诚地反省，我会痛苦地承认，此前判断有误，我会有鉴于这样一个结果，将功补过力挺方舟子成为2010《感动中国》候选人。”
但是质疑的声调也一度很高。有媒体采访武汉市协和医院泌尿外科主任医生肖传国，他认为方舟子遇袭一事很可疑，可能是在报假案、是在炒作。
自称“《炒作学》开山鼻祖”的争议作家张一一在微博中称，方舟子最近将推出新书《诺亚方舟》，因此想学他当年那样自我策划来做宣传。
“沉默”中的方舟子还在“战斗”。方舟子发微博回应：“‘80后作家’张一一和大河网公然造谣，胡说我遇袭是自我炒作，是为了推出新书《诺亚方舟》。本人从来就没有也不准备出版一本什么《诺亚方舟》的书。本人的笔名和‘诺亚方舟’毫无关系。天底下竟然有如此丧尽天良的人和媒体！”
一些荒唐质疑不该被“放”出来
至于以后是不是会对肖传国、张一一等采取法律行动，那得等这件事情过去之后我再跟律师商量”
现代快报：在你遇袭之后，还是有一些所谓的质疑，几天之后，你怎么看这些质疑？
方舟子：这些质疑里有一些是非常荒唐的。这些质疑如果是一些匿名的人发出来的，在网上随便说说也就算了，但有的是真名实姓的人写出来的，而一些媒体还把这些纯属造谣污蔑的言论发表出来，这就很不正常了。对媒体来说，应有基本的素养，在登出所谓的不同声音之前，你应该有一个起码的判断，而且也应该调查一下。不能为了搞所谓的平衡，就把一件事搞得像很有争议似的，然后把那些谣言放出来。
现代快报：在这些质疑声里，哪些真名实姓的人的话给你留下了最深的印象？
方舟子：比如说那个张一一，说我是为了炒作一本书才怎么样怎么样。
现代快报：而这本书是不存在的？
方舟子：他所说的书《诺亚方舟》根本就不存在。被我驳斥了之后，他又说我被他识破了之后为了避嫌把书名改成《大象为什么不长毛》。《大象为什么不长毛》这本书倒是有，但我这本书，在我被打的前几天就出来了，在微博中把封面都贴出来了，哪是他说的那个原因。而且很早以前我在接受采访的时候就说过要出这本《大象为什么不长毛》了。
现代快报：前几日有媒体采访武汉市协和医院泌尿外科主任医生肖传国，他认为你遇袭一事很可疑，可能是在报假案、是在炒作。当然，很多网友并不认同这种看法。对他和张一一的这些说法，你有没有采取措施的打算？
方舟子：目前来说还没有，我觉得这些是次要的事情，最重要的是协助警方破案，然后做好自己和家人的安全工作。至于以后是不是会对肖传国、张一一，还有一些媒体采取什么法律行动，那得等这件事情过去之后我再跟律师商量一下有没有必要。
我理解家人显得“脆弱”的担心
本来这种担心就一直存在，现在实际发生了，有时候感情会显得脆弱一些”
现代快报：说到家人的安全，我刚刚看到一篇你爱人9月2日早上6点多写的一篇博客文章《活着》，文章第一段就写：今天是阿民被袭击的第四天。四天来，我震惊过，欣慰过，悲哀过，狂怒过，现在我感到彻骨的荒凉，无边无际的虚无。也许我不该这么说，因为有那么多的中国人在支持方舟子，声援方舟子……从这段话能感觉出家人对你的担心，也能感觉到一种令人揪心的东西。
方舟子：这个担心是当然的，这是可以理解的，本来这种担心就一直存在，现在实际发生了，有时候感情会显得脆弱一些。
现代快报：人大教授张鸣今年接受过快报的几次专访，他9月1日在《南方都市报》发表《方舟子不可能假借权势伤人》一文，文章中有句话说得很好：方舟子有很多的拥趸，也有很多不喜欢他的人。对不喜欢的人、被人讨厌的人容忍的程度，是一个社会是否文明的试金石。
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