在京杭大运河山东段，济宁无疑有着特殊的意义：山东段沿岸最大的港口城市、当年河道总督衙门的所在地、大运河中段的交通枢纽、南北物资水运重镇……也正因为如此，在大运河申遗工作中，济宁登录了62处遗产点，成为运河沿岸城市遗产点登录最多的城市之一。而这62处遗产点中，有11处被列入了申遗预备名单中。不过略有遗憾的，这11处遗产点中，济宁市区所登录的遗产点无一通过。这，又是为什么？
被“遗忘”的“重点”“咱济宁的运河，那是个宝贝。”7日上午，记者在济宁采访搭乘出租车时，出租车司机小刘这样对记者说道：“你来济宁(采访)来对了，咱济宁的运河是现在最后的一段活运河，往北运河就没了。”
虽然对“申遗”并没有具体的概念，但是这并不妨碍小刘对于运河申遗的关注：“要是成功了，旅游肯定会起来，旅游起来了，我们出租车也跟着沾光，就看咱们政府能不能给力一把。”事实上，对于大运河“申遗”，济宁市的相关部门早已开始着手准备。
一个最明显的例子，就是济宁市文物局近年来不断地进行走访调查，对于运河济宁段的遗产点进行勘察，总共登录了62处遗产点，而经过国家文物局确定，其中的11处运河遗产点段列入了申遗预备名单。“所谓的遗产点段，就是指能够反映运河特色的一些遗址或者是设施，比如说闸、坝、桥、河道以及其周边相关的建筑等等。”济宁市文物局大运河申遗办公室副主任李广芳表示，在被列入名单的11处遗产点段中，作为运河心脏的南旺分水枢纽工程遗址首当其冲的被列入其中，此外一些保存较为完整，功能较为重要的闸坝、运道也被收录：“这其实是一个好事儿，能够让这些遗址得到更为充分的保护和利用。”
不过对于遗产点的评定，也有一些学者觉得不够完美，济宁运河文化研究会的秘书长杜庆生就是其中之一：“我觉得这个遗产点的评定，还是有一些遗憾的，比如说顺河东大寺，比如说河道总督衙门，这两个没能进入名单很遗憾。”
在杜庆生看来，作为“运河之都”的济宁，理应将河道总督衙门作为一个重点进行申报，但是遗憾的是，河道总督衙门连大名单都没能进去，而另一个顺河东大寺虽然进入了大名单，却与最终的评定结果失之交臂：“为什么济宁叫做运河之都？就是因为河道总督衙门设在济宁，没有这个衙门，运河之都的名号就不算是实至名归。”
运河之都源于总督衙门公元1278年，文天祥被金兵押解到大都时，曾经过济宁所在的济州，他曾在诗中这样描述当时的济宁：“百草尽枯死，黄花尽秋色”、“路上无行人，烟火缈萧瑟”，不过这样的情况也许仅仅只持续了几年甚至十几年的时间，济宁就顺利的完成了一个华丽的转身，当年在元朝担任枢密副使的马可波罗曾在游记里这样描述济宁：“济宁，这是一个雄伟美丽的大城，商品与手工艺制品特别丰富”，“河中航行的船舶，数量之多，几乎令人不敢相信……河中航行的船舶往来如织，仅看这些运载着价值连城的商品的船舶吨位与数量，就会令人惊讶不已”。因为大运河的开通，济宁从“百草尽枯死”瞬间转身为“运河重镇”，而到了明代永乐年间，济宁已形成“舟东临四达之衢，商贾集五都之市”、“冲繁遂甲山东”的要冲之地：“更为重要的是，就在济宁以北不远的南旺，修建了南旺分水枢纽工程，因此这时候的济宁无比重要，可以说关乎着运河的生死。”杜庆生这样对记者说。
也正因为如此，明永乐九年，朝廷在济宁设总理河道、总督河道，简称总河，成为了运河最高行政管理机构，而清顺治年间，则在济宁设立了河道总督衙门。主要负责运河的行政管理，总理运河营防，掌管催调、护送粮船等工作。“那么这个衙门是什么规格呢？相当于现在的国务院水利部，担任河道总督的官员，大多是正二品或者从一品的官员。还有史料记载称，河道总督衙门下还设立72衙门，负责治理运河。”也正因为如此，明清两代的治河名臣如潘季孽、刘东星、朱之锡、靳辅、张鹏翮、林则徐等均曾在此任职。