印尼与中国签署合作备忘录，这对日本而言无疑是一个打击。
印度尼西亚官方本月2日正式宣布，中国方案是雅加达-万隆高铁项目目前唯一的选择，国企部已成立专门小组与中方对项目合同的细节进行商谈，并有望于本月底签署协议。中国最终成功击败日本，获取了这一与对方争夺长达半年的大单。
由于日本比中国提前一年就针对这一项目对印尼进行全方位的外交公关，但最终被半路杀出的中方击败，日本无论从官方到媒体都难掩沮丧之情。日本内阁官房长官菅义伟此前宣称，“采纳中国方案的过程难以理解，极为遗憾”。在9月30日的记者发布会上，菅义伟批评印尼方面称，“按照常识难以理解”。
日本共同社3日发文反思了日本为何在这场“志在必得”的项目中最终落败，文章称，中国其实已让印尼负责此事的部长级官员站到自己一边，向印尼总统佐科提出了十分罕见的优厚贷款条件，促使中国成功获取订单。“日本在这场竞争的初步阶段虽然一度领先，可惜太过自信，没能认清瞬息万变的局势。”
文章称，3月25日傍晚，印尼总统专机载着结束首次访日行程的总统佐科一行飞往中国。机舱内，主要官员们被告知“将与中国签订高速铁路建设相关合作备忘录”。印尼国有企业部长莉尼携手中方秘密磋商了相关事宜。
当天早晨，佐科在日本试乘了新干线。不过日方对佐科是否有意引进高铁并未抱太大希望，首先想让他对新干线感兴趣。佐科在车内时而小憩，时而透过车窗欣赏富士山等风景。
共同社称，印尼撇下了并未使出全力宣传推介的日本，在北京与中国签署合作备忘录，这对日本而言无疑是一个打击。
报道称，中国从5月前后着手高铁项目化调查，仅用短短3个月就完成了报告。日本去年1月启动调查，用了约一年半汇总出报告。该媒体援引日本外交消息人士透露，中国有可能是雇用了日本调查时聘用的当地咨询顾问，暗自拿到日本方案并在此基础上制作自己的方案。中国方案在路线等方面与日本方案十分相似，印尼一名部长级官员称“中国是探知了日本方案进行了模仿”。
日方运气也甚为不佳。力推新干线方案的知日派——印尼贸易部长戈贝尔8月遭到撤换，日本失去了有力后盾。佐科的战略是让日中两国竞争从而提出对印尼有利的条件，到此时，日方只能在贷款方面让步。这场竞争日趋白热化。
受印尼政府委托的美国咨询顾问9月2日向印尼部长提交了“综合来看新干线占优势”的结论。然而，佐科此后判断两家方案都不符合不动用国家预算这一条件，决定高铁建设计划作废。
日本方案要求部分项目费用由印尼政府负担，并寻求债务担保。同样，中国方案是印尼政府必须对设立承建相关的合资企业承担部分费用。
日方对此表示“尊重总统的决定”，而中国却没有放弃。莉尼9月中旬访华，最后得出的方案是由中国的银行提供合资所需资金，实现印尼的“零财政负担”。
由此，佐科终于亮出了绿灯。印尼9月23日告知日方，原本作废的高铁计划将继续实施。日本与印尼之间条件不契合，这事实上是在宣告日方成为了高铁项目“争夺战”的输家。
与佐科特使举行会谈的日本官房长官菅义伟9月29日就一系列经过表示“令人费解，极其遗憾”，但一切都已经于事无补。
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