但因为又有消息称绑匪只杀了2名人质，警方仍不放弃车内仍有活口的可能，因此动作相当小心，在把车子团团围住后，仍不敢贸然行动。且门多萨担任警察20多年，对警方将会如何攻坚非常熟悉，因此，攻坚行动并不顺利。
警方没有破窗设备，一名警员手持锤子先砸右侧车窗和车门，只砸出一个小洞，砸车前窗也没砸开，后来转到车后部砸，仍然没能进入车内，然后警方再转到右侧砸车窗，整个砸窗行动持续约1个小时，行动十分缓慢。警方在打开车体后，一度进入车内，但遭到劫匪枪击，又退出车外。
晚上8时20分，巴士上突然向外射出多发子弹，香港无线电视一名工程人员遭到流弹波及，其他守候在现场的记者也纷纷躲避。到了8时40多分时，巴士内再冒出催泪气体，并传出激烈枪声，接着门多萨遭到射杀，尸体挂在车门外。据菲警方研判，先前趁乱逃脱的司机，因为是面朝车前窗户站立，在听枪声后立刻跳车逃跑，因此，才会在逃出来后，说车上的人质都被杀死了。
当地时间23日晚上9时左右，菲律宾当地媒体报道称，在连续听到几声枪响后，警方最终强行进入了大巴车内，并将劫匪击毙。这一消息随后得到菲律宾高级督察内尔松·亚武特的证实。
枪手被打死后，现场秩序一片混乱，警察、医护人员、记者及大批旁观者都拥到大巴周围。
12：10部分人质被释放
19：30左右警方开始强攻
21：00左右警方行动结束
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