2005年夏 市文物局给大高玄殿占用单位下发《责令限期整改通知书》，请求其在一年内进行整改。
2006年3月 文化部、国家文物局和市文物局与占用单位和谐。
2008年1月 国务院有关领导出面召开和谐会，约请财政部、北京市政府、占用单位和故宫四方商谈，提出最迟不超过2009年3月腾退的看法。
2009年3月 占用单位表现腾退面临经费和划拨土地等具体问题，大高玄殿未能按原打算腾退。
2010年6月 占用单位与故宫博物院签订《大高玄殿移交协议书》。
- 现场
违建挤占古建 台基损毁严重
穿过高高的红墙和京城著名的“三座门”，是一座破败的院落，琉璃瓦顶也已没有了光辉，随地散落的杂物流露出撤离的痕迹。院子里挤着古建、违章建筑和若干杂物，在煤堆等物的常年积存下，古树已近枯萎。
推开大高玄殿笨重的大门，灰尘的味道扑面而来，人走进去，每一步都能带起地上的尘土。在占用单位撤离前，这座古建被作为仓库应用。早期还用做礼堂，内部搭建了一个舞台和电影放映墙，四周刷着年代久远的标语，好在屋顶和梁柱基础保存了原样。
台基是大高玄殿损毁比较严重的部分，其正殿、后殿和一座两层楼阁的台基部分围栏已被人为锯断。这座两层楼阁是上圆下方形制，类似天坛的结构，上名乾元阁，下名坤贞宇，楼阁西侧的空地上，是个自建的羽毛球场地，台基边沿上的石制龙首排水口都已折断。委员们认为，这些排水口的损毁都是为了方便打羽毛球。
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