那年10月1日，秦俑馆正式开放，一号坑进行展览。
俑头丧失案
1987年，价值40万的俑头在秦俑馆被盗，一号坑第二次发掘被停，省考古所失去秦俑“发掘权”
王学理，陕西省考古院研究员，参与一号坑第一次发掘。发掘被叫停后，他持续留在坑内从事5个探方的发掘清算工作。
他回想说，在那时，秦俑考古队与秦俑馆在工作流程上已有摩擦。
当时考古队的一名成员说，白天展览期间秦俑馆不让运土，外宾入坑参观前，馆里让他们快点打扫卫生，并停工放假。
1979年秦俑一号坑结束发掘以来，陕西省多次请求恢复发掘，但国家文物局一直未批。
1984年，陕西文博考古体制进行调剂。
陕西省考古所并入省文物局管理，不再附属于省社科院。1985年，又撤销了本来的“秦俑考古队”，由陕西省考古所重新组建“秦陵考古队”。队长由所长石兴邦兼任，王学理任常务副队长。
当时，主管文物管理的副省长孙达人请求，文物发掘归陕西省考古研究所、文物展览摆设归秦俑馆。
此后秦俑一号坑于1986年获得国家文物局批准，开端第二次发掘。
就在发掘进行地如火如荼时，1987年2月17日晚，当地5个村民翻窗进入秦俑馆，撬开考古队的杂品库，在堆满考古工具的库房里，偷走一个将军俑头。
这个价值约40万的俑人头，在半年后被追回。首犯被处以逝世刑。
而考古队的发掘工作又被叫停，省文物局责成队长石兴邦作深入检查；撤销王学理一切职务、取消个人发掘领队资格两年。
6月16日，现年75岁的王学理接收采访时说，当时被盗的将军俑头应是先前“秦俑考古队”与秦俑馆交接时的物品，义务不该单独由他们考古队承担。
陕西文博考古“改制”
秦俑馆获准成立秦俑考古分队，获权发掘兵马俑坑，编写的兵马俑发掘报告引起世界轰动
由于“将军俑头”案的产生，考古所永久失去了发掘秦俑的机会。
1988年6月23日，陕西省文物局再次对文博考古制度进行调剂。
省文物局下发通知指出，本来的体制不顺，工作脱节，也不利于各项工作的管理和开展。并且产生文物丧失，造成严重丧失。
为了扭转这一局面，陕西省文物局决定，在秦陵考古队下成立秦俑分队，全面负责承担秦俑馆内一、二、三号坑的考古发掘工作。
但这支“秦俑分队”其实并不再属于考古所。
省文物局的通知表现，秦俑分队，行政上受秦俑馆领导，业务上仍受省考古所领导。秦俑分队所需考古业务人员原则上由秦俑馆自己设法解决。
于是，发掘秦俑的权利从省考古所被划到了秦俑馆。
1988年，陕西省考古研究所副所长袁仲一调任秦俑馆馆长，同时兼任考古所副所长。
在袁仲一的主持下，秦俑馆先申请发掘的是兵马俑三号坑，1989年9月27发掘结束，并对外开放。这个坑很小，仅有62件武士俑，且是两面相对，夹道式排列。专家们认为，这是中国出土最早的部队指挥部。
随后，秦俑馆编写了《兵马俑一号坑考古发掘报告》和《铜车马考古发掘报告》，在考古界引起轰动。
后来袁仲一也被外界称为“兵马俑之父”。
携手探秦陵后积怨
省考古所缺经费与秦俑馆合作勘察，秦俑馆借铜鼎展览，考古所索要未果，两家成隙
在1988年省文物局对省考古所的工作调剂之后，失去秦俑“发掘权”的“秦陵考古队”，将勘察范畴集中在秦陵主陵部分。
但是从1988年到1994年，秦陵考古队的勘察发掘进展并不顺利。
省考古所内部人士说，这跟当时所领导不器重有关。领导的兴趣不在秦陵，工作不会向这边倾斜。考古队有钱了就干点，没钱就停。
1998年呈现转机。国家兴起西部大开发打算，陕西省提出打造周秦汉唐文化基地的概念。
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