一方面是用于保障性住房建设资金严重匮乏；另一方面是住房公积金大量闲置。这一盈一缺反差鲜明的矛盾是公积金建保障房政策出台的主要背景，但等到动起了真格时，还是引起了轩然大波，而且直指其核心要害——资金的安全问题。
所谓住房公积金新政，即利用住房公积金闲置资金来发放保障性住房建设贷款。该试点工作已于2009年10月启动。经过近一年的酝酿，2010年8月5日，能落地生根的政策——《关于做好利用住房公积金贷款支持保障性住房建设试点工作的通知》（以下简称通知）才浮出水面。
通知中圈定了北京、重庆等28个城市，3类试点项目——经济适用住房、棚户区改造安置用房、公共租赁住房建设项目。此次，133个项目入选，贷款额度约493亿元。
据悉，在2009年，地方所需的用于保障性住房建设的配套资金缺口达上千亿；截至2008年末，全国住房公积金闲置超过1.2万亿元。此外，我国城市住房公积金使用率很不均衡，相对一线城市，二三线城市公积金使用率普遍较低，普遍不足30%。
公积金闲置率过高也是此次试点城市多为二三线城市的原因。通知中显示，这28个试点城市中，除北京、天津等一线城市外，大多数都是大连、唐山等二三线城市。
住房城乡建设部有关负责人表示，确保资金安全、维护缴存职工合法权益是做好利用住房公积金贷款支持保障性住房建设试点工作的重中之重。通知中并为此做了3项周密的部署。
比如，要求项目贷款必须定向用于试点项目，严禁挪作他用。经济适用住房和城市棚户区改造项目的贷款期限最长不超过３年；公共租赁住房建设的贷款期限最长不超过5年。项目贷款到期后，贷款本息必须全额收回。
保障公积金支持保障性住房的资金安全缺乏具体的办法和相应的制度安排
著名经济评论员马光远对《中国产经新闻》记者说：虽然国家对其安全性进行了强调，但我还是认为不足以确保安全，因为没有制度。通知对整个贷款的审批、使用和资金的回收都做了一些规定，但这毕竟只是一个通知，对于保障公积金支持保障性住房的资金安全缺乏具体的办法和相应的制度安排。
尤其是在保障性住房收益率本来就不高，甚至还有亏损的风险下，制度是非常重要的。单纯地来说安全，是没有用的，关键是要有制度。在制度里对公积金做一个长远的交代，这很重要。马光远说。
中国社科院金融所研究员尹中立也表示，虽然住建部在公积金支持保障房建设的试点运行中管理非常严格，但一旦放开在全国推行，巨额公积金贷款审批和监管权下放到地方，公积金的使用安全问题便显得尤为重要。首先，动用公积金支持保障性住房建设，在法理上有漏洞。其次，监管机构缺位。至今没有建立代表公积金缴纳人的机构，作为第三方监管机构参与到公积金运行当中。
为了加强对公积金贷款的监管，住建部和财政部等六部门重磅推出了住房公积金督察员制度。用住建部副部长陈大卫的话来说，首批受聘的18名公积金督察员，可以在一定程度上弥补行政监管力量不足，有利于形成决策科学、执行顺畅、监督有力的运作管理和监管体制。
但马光远认为，督察员制度容易滋生权力寻租的空间。18个督察员是很难避免寻租情况的发生。
马光远建议，在公积金贷款的审批流程中，应该建立一个明确的机构，比如由专家和公积金缴纳者代表组成的投资委员会，并要形成一个投资委员会集体签字负责的制度。这对于保障公积金缴纳人的权益是非常必要的，因为利用公积金建保障性住房属于投资行为，需要一个投资流程的审批，而这个审批权不应该交给公积金中心。
此外，马光远认为保障性住房建设的资金不能纯粹依靠贷款，否则，一方面公租房的价格下不来；另一方面资金的安全得不到保障。资金来源应该多元化，比如财政投入多少，土地出让金应占多少比例，这都需要一个明文的规定。此外，还可以吸引民间投资，开辟多种渠道，这需要政府多下功夫、多动脑筋。
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