综合香港媒体报道，菲律宾总统阿基诺三世下令，政府跨部门小组“事故检讨委员会”(IRC)须于三个星期内提交人质事件调查报告。
港警调查一度受阻
原建议的5名小组成员之中，除保留司法部长和内政部长外，阿基诺拒绝让国家警察总长贝尔索萨、国家调查局(NBI)局长和国警内部审计部主管担任小组成员，改由3名来自私人组织的代表取代，包括当地知名“反罪恶斗士”洪玉华。
当地反贪污自愿组织VACC认为，应由独立机构调查，并邀请香港警方代表加入，以防有人企图掩饰真相。
香港特区署理警务处长曾伟雄表示，7名香港警务人员已在菲律宾马尼拉参与调查工作，包括已登上肇事旅游巴士搜证、约见相关证人以及作弹道检证等。
不过，菲律宾传媒报道，当地警方禁止香港法证人员登上旅游巴士调查，只容许他们在外观察。菲媒ABS-CBN引述领导调查工作的菲律宾警长的话指，要待菲当局完成调查，才可让香港警方调查，又指他们必须得到菲司法部和警方批准，才可登上旅游巴士。
港府保安局强调，香港警方已经获得菲律宾警方书面授权，保证提供协助，而中国大使馆正在协助，以取得菲政府合作。
港府保安局副局长黎栋国29日在电台节目中说，希望在调查期间，资料搜集得越详尽越好，透过与菲当局交换及分享数据，令调查报告更完整。黎栋国又说，到马尼拉协助受害人家属期间，觉得菲律宾官员相当重视他们提出的要求。
黎栋国表示说，香港警方已完成8名死者的验尸工作，特别是其中3具尸体没在菲国检验，即使已解剖的5具尸体，仍可察看子弹进入身体时造成的创伤有多大，身上的弹头、碎片也可详细检验，而警方稍后也会向幸存的旅游团成员录取口供。
菲警对初步调查结果改口
另外，港媒引述菲律宾媒体ABS-CBN报道指，菲警方改口称在旅游巴上发现的50个弹壳虽然全部由M16步枪发射，但未肯定是否全部由枪手门多萨的步枪发射，也不肯定8名遇难港人是否全被门多萨射杀。
8月27日，菲律宾警方公布了对事件的初步调查结果，否认误杀人质传言，称8名港人均遭劫持者枪杀。
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