12月23日，在深圳地铁二期部分线路开通试运营前夕，深圳市发改委发布了新的地铁票价方案，即两个月前票价听证会上三套方案中最贵的第二种方案。该方案28日起实施。
为何要选最贵的票价方案?深圳市发改委价格处相关负责人回应称：“三种票价都符合地铁票价的定价原则，既然都符合定价原则，选哪个方案都不奇怪。”
>>发布 改按里程计算票价
深圳新地铁票价方案由现行的按站点计价调整为按里程计价，采用起步价加里程价的方式。发改委负责人表示，目前国内外多数城市地铁实行的是按里程分段计价的票制，体现了公平合理。
依据该方案，地铁起步价为首4公里2元;里程价为4-12公里部分，每1元可乘坐4公里;12-24公里部分，每1元可乘坐6公里;超过24公里，每1元可乘坐8公里。按此方案测算，地铁一号线全线开通后，从罗湖火车站到机场站全程票价9元;地铁2号线初期工程世界之窗站到赤湾站全程5元;3号线草埔站到双龙站全程7元。新方案在换乘计算上没有清晰说明。
发改委相关人士表示，新票价方案采用“递远递减”的原则，可以让中长途出行的乘客享受更多实惠。相对于地面公交，现行轨道交通票价方案在中长途出行方式上有着明显优势。
>>质疑：备选方案中最贵
今年9月29日，深圳市举办城市轨道交通票价听证会，当时提出三套听证方案，方案二即12月23日公布的最终方案，也是在听证会上因为最贵被认为最冷门的一套方案。按听证会上发改委的说法，三种票价方案比较，到2012年，方案三比方案一每年减少收入4400万元，比方案二每年减少收入8500万元。很显然，此次采用的方案二是三种听证方案中最贵的一个。“为什么放着票价更低的方案不选，选了这样一个最贵的?”23日下午，多名市民致电记者表达这一质疑。
>>回应 ：利于可持续发展
深圳市发改委有关负责人解释称，该票价方案体现合理分担原则，兼顾了乘客的经济承受能力、运营企业的可持续发展需求、政府财政补贴能力，有利于城市轨道交通的可持续发展。
在23日的发布会现场，记者要求发改委对选择最贵方案的理由给予解释说明，发改委价格处相关负责人表示，“三种票价都符合地铁票价的定价原则，既然都符合定价原则，选哪个方案都不奇怪。”
23日，有听证会代表致电记者，表示此结果令自己“非常意外。基本上消费者代表的建议在结果中全部没有体现。”
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