日本高官称，日前参加东盟地区论坛的日本外相松本刚明就中国与东盟达成上述指导方针表示欢迎。但松本刚明同时指出，南海对于日本来说也很重要，因为这一海域的稳定关系到日本过往商船的安全。《日本时报》称，尽管日本并未直接涉入南海纠纷，但日本却对中国与越南、菲律宾之间的南海纠纷表达了“强烈的兴趣”，日本似乎是将这一问题与中日在东海的领土纠纷联系在一起。
日本庆应义塾大学学者金波(Ken Jimbo)表示，中国捍卫海洋权益是中国爱国主义和自信心强盛的表现。他指出，日本可以通过支持印度尼西亚、越南和菲律宾构建海岸警卫队，以及改善港口设施来间接解决南海纠纷。他还说：“为了阻止南海冲突，日本可以向东南亚国家提供巡逻船等先进设备，并向这些国家提供官方援助以升级其港口设施，从而便于美国军舰与其之间的联系。”
日本防卫省防卫研究所高级研究员Tomotaka Shoji则表示，他相信南海纠纷仍将持续，因为中国不可能放弃在南海的领土主张。Tomotaka Shoji还指出，日本只能够通过与美国之间的安全同盟关系间接介入南海问题，因为如果日本派遣自卫队前往南海去遏制中国的影响力，这将从政治和历史角度产生重大影响。 相关阅读