第六张幻灯片叫“腐败给俄罗斯的经济一年带来超过300亿美元的损失”。第八张幻灯片叫“俄罗斯的新一代”，指出高校学生热衷于当公务员，就是因为有利可图。他还提起俄罗斯石油公司合并一家私人小石油公司的交易，“这笔交易恐怕有内幕，或许石油公司的总裁有话要说。”
不过，真正有话要说的是普京。“一些企业，包括尤科斯在内，有大量的资本储备，”普京说，“问题是，这些钱是怎么来的。”他进一步指责霍多尔科夫斯基贿赂税务部门，甚至暗示要接管尤科斯。
霍多尔科夫斯基不再掩饰政治野心。他积极向反对普京的俄共、“亚博卢”集团和右翼联盟等提供政治资金，培养代言人，延请普京政策的批评家，还四处发表演讲。他还公开表示，将组建一个反对普京的自由反对派，并声称自己将于2008年退出商界——2008年，正是普京完成总统任期后的大选年。
有媒体形容，霍多尔科夫斯基的种种行为，对普京来说，就像“一块激怒克里姆林宫的斗牛红布”。
2003年10月25日黎明，身在以色列的涅夫兹林突然接到了霍多尔科夫斯基无缘无故打来的电话，之前从未有过这样的事。涅夫兹林明白，这是朋友在向他告别。当天，霍多尔科夫斯基被捕。他被指控有欺诈、洗钱及其他经济犯罪行为。
有人恨他，有人钦佩他
身陷囹圄期间，霍多尔科夫斯基出版了6本书，写了大量文章。他坚持与许多俄罗斯平民通信，并以专栏形式发表在杂志上。
2011年秋天，他在给《俄罗斯人报》的一篇文章中写道，应把一部分权力从总统手中还给议会，“自从2003年我遭囚禁以来，这个国家总统的权力已经大到可怕。”
有人恨他，有人钦佩他，也有人对他的遭遇表示同情。谢格扎市第六中学校长年轻时曾参加过一个计算机研讨会，该研讨会正是由“开放俄罗斯”基金会赞助，但当她想与班上的高中生讨论“社会公正与寡头成员”话题时，遭到学校董事会的阻止。
一位老妇人站在“第七号改造营”前，包里装着霍多尔科夫斯基的很多照片。她坐了14个小时火车才从圣彼得堡来到这里，她告诉记者：“他将拯救俄罗斯。”她丈夫一边在公交车站等车，一边心不在焉地说，“我妻子一直是个梦想家”。
“普京让我的生活无聊，戈尔巴乔夫时代的事情才更有意思。”俄罗斯记者阿列克谢·雅科夫列夫这样说。
作为这座城市最有钱的人，马尔科夫被称为“谢格扎的霍多尔科夫斯基”，但腐败的官僚体制给他的生意带来不少麻烦。“俄罗斯没有什么改变，”他已卖掉了一部分产业，想送10岁的孙子去伦敦，“只要普京掌权，霍多尔科夫斯基就不会自由。”
“霍多尔科夫斯基就像是普京身边一根越来越大的刺。”《名利场》杂志评论称，“只要普京还统治着俄罗斯，那么霍多尔科夫斯基就会继续待在监狱里。”
不过，普京2012年10月重申，如果霍多尔科夫斯基申请特赦，将予以考虑，“我们对这个事情没有抱着恨之入骨的情绪”。
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