2010年7月3日 质疑唐骏学历造假
方舟子质疑唐骏学历造假，此外还写道，唐骏自称1992年在美国花了两天时间发明大头贴照相机，以50万美元把专利卖给日本公司，但是唐骏无此专利。
2007年4月 揭露蒙牛特仑苏
方舟子在“新语丝”披露，蒙牛特仑苏OMP牛奶添加的“造骨牛奶蛋白”实际上是国外研究很多的一种生长因子IGF-1，不仅不能造骨，还有致癌风险。后来国家质检总局发文认为OMP是不允许添加的添加剂。
2005年11月 清华教授刘辉学术造假
方舟子在“新语丝”首次披露，原清华大学医学院院长助理、教授刘辉学术造假。凭借“刘辉事件”，方舟子掀起了一股学术打假狂澜。
2005年9月14日 指出“肖氏反射弧”未获国际公认
方舟子网上在线谈《生物医学的规范》（由中国协和医大出版社组织），指出所谓“肖氏反射弧”并没有得到国际公认。2005年9月21日，方舟子在《北京科技报》发表《脚踏两只船的院士候选人》一文，对肖的简历提出质疑。
BLOG：方舟子博客详述遇袭经过
我妻子在我的微博上发了我遭到歹徒袭击的消息后，收到了许多电话、短信，或表示慰问或要求采访，感谢各位的关心，但因为一直在配合警方做调查，没法一一答复，现在抽空介绍一下经过，媒体朋友要报道，直接引用即可。
今天（8月29日）下午3点我约好辽宁卫视“王刚讲故事”的两名记者在北京住所所在小区的门口见面，然后一起走到附近一家茶馆（就是《中国企业家》详细描述过其位置的那家）接受关于李一事件的采访。5点左右，采访结束，我把两位记者送上出租车，转身才走两三步路，只见一名男子突然蹿到我面前，朝我的脸喷射气雾，我闻到一股刺激性味道，头晕脚软，几乎要倒下，我立即屏住呼吸，向路的对过跑去，后面另一个人追着我，手持铁锤要砸我头部，我拼命往前跑，此人在后面追，没能追上，就把铁锤向我扔出，连扔两次，第一次朝我的头部扔，没有砸中，我听到铁锤落地的声音，边跑边回头看了一下，此人又捡起铁锤扔过来，这次击中了我的腰部，流了一些血。我跑了有一两百米，歹徒未再追赶。我跑进小区后，报了警，警察很快来了。当时路边有一些人，警察立即去现场寻找目击者。做完笔录后，到附近医院验伤，除了腰部有两处破皮出血外，目前身体还未发现其他异样。
歹徒所用的喷雾，我一开始以为是辣椒水，后来与法医探讨，觉得应该是含乙醚成分的麻醉剂，我以前做动物解剖实验用过乙醚，现在想起来就是那种味道。歹徒的计划，是一人先用麻醉剂把我麻倒，另一人再用铁锤置我死地，大概吸取了上次让方玄昌逃脱的教训。幸好我反应敏捷，跑得快，躲过一劫。
我本人没有私敌，这显然是某个被我揭露过的人雇凶报复，并已在我的住所附近踩点、守候多时，终于抓住了一个机会。至于是谁干的，我不好妄测，我知道的线索都已告诉警方。该案现在由石景山分局刑侦大队队长侦办，分局局长几次打电话过问，看来警方比较重视。希望能够尽早破案，并同时也侦破方玄昌遇袭案件。（据方舟子博客）
微博热议：
@方舟子：方玄昌昨晚十一点在回家途中被两名职业杀手用钢筋袭击，头背受伤，失血很多。杀手有备而来，一声不吭就是想打死他。他是《财经》科技编辑，在《中国新闻周刊》时策划过一些调查报道，包括调查王振国“天仙液”和肖传国“肖氏手术”。和我一起与“地震预测大师”、反转基因的“乌有之乡”辩论过。（编者注：此微博发表于6月25日）
回帖 @麦田:2个月后，方舟子本人遇袭。
@北京龙哥：北京警方反应迅速！所有人都在关注！这不仅仅是一个个体问题，希望北京警方能够尽快查出幕后的利益集团。
@徐小平：袭击方舟子，等于是向文明社会宣战：我确实有你揭露、有公众不齿的那些丑行，但我要把这个丑行进行到底，我要整死你。袭击方舟子，是对全体认同方舟子人的集体攻击，是对事实和真相的攻击，是对社会良知和准则的攻击。我知道我的谴责很无力。但我呼吁北京警方全力缉拿罪犯，并将进展公布于众。
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