近几年，济宁高新区坚持“有所为，有所不为”的原则，重点培育发展光电信息、生物医药、软件动漫等新兴产业，着力培植核心竞争力强的优势骨干企业和新兴产业项目，新兴产业正在成为高新区转方式、调结构和构建现代产业体系、提升产业竞争力的重要引擎。
引进龙头企业，培育产业集群，是济宁高新区发展光电信息产业的一大诀窍。台湾联电、台湾晶电是世界光电产业巨头，高新区通过与之建立战略合作关系，一举引进LED新光源和新能源两大产业链13家公司，短短一年多时间就建成了目前国内最完整的LED产业链，建成并开始运营亚洲规模最大、全国首家取得发电类电力业务许可证的18兆瓦薄膜太阳能光伏电站，国家半导体及显示产品质量监督检验中心落户济宁高新区。光电产业在济宁高新区的快速发展，吸引了国内外众多知名光电企业的目光。今年下半年，世界最大的印刷电路板生产企业台湾欣兴电子与高新区签订总投资3.2亿美元的印刷电路板项目合同，确定在高新区建设印刷电路板生产基地，并致力于打造印刷电路板完整产业链，此举将大大提升高新区光电信息产业的综合实力。
在提升生物医药产业方面，高新区紧紧抓住国家基本药物制度实施的新机遇，全力支持辰欣药业、鲁抗立科、明治医药三大企业加快膨胀规模。辰欣药业研制出具有独立自主知识产权的“固体分散及干法压片技术”，将抗乙型肝炎病毒国家一类新药推向市场，实现了抗乙肝新药规模化、规范化、产业化发展。今年辰欣药业还投资20亿元开工建设第二产业园，目前正在安装调试生产设备。鲁抗立科药业投资1.8亿元，实施以生产抗肿瘤药物、心脑血管药物、培南雷为主的新型原料药项目。明治医药投资1亿元开工建设了年产2万吨万古霉素项目，现已开始试生产。
软件动漫及服务外包产业是高新区近两年大力扶持的又一新兴产业，高新区以提供启动资金、实施奖励补贴、设立专项资金、建立公共技术平台、免房租、免网费等多种扶持措施和个性化服务，大力支持企业自主创新、培训人才、开拓市场、搭建平台等，促进了梦想互动、正融科技、光明软件、东骏数据、国翔软件、盛世光明等一批项目加速成长壮大。其中，豆神动漫利用二维、三维技术推出的《功夫豆神》、《豆神爆破王》，美猴动漫充分挖掘本地文化资源推出的《孔子周游列国》等动漫作品开始走进互联网和电视荧屏，取得了较好的经济和社会效益。
蓬勃发展的新兴产业项目得益于济宁高新区良好的政策环境。为促进新兴产业加快成为优势主导产业，高新区设立了2亿元的新兴产业发展基金和5000万元的科技创新基金，重点支持新兴产业公共技术平台建设、企业高新技术开发和新产品的研制以及新兴产业项目发展等。大力实施高层次创新人才集聚工程，设立2000万元的新兴产业人才发展基金，建立起紧缺型、创新型人才培养储备制度，加大了海外高层次人才引进力度，今年先后为联电济宁科技园、英特力光通信、立科药业等企业引进高层次领军人才22人、高级管理人才14人，招聘了18名光电、通信等紧缺专业的硕士研究生进入光电产业加速器，并与本地技工类院校建立了光电产业人才培养机制。为破解新兴产业项目资金瓶颈，高新区引入风险投资机制，出台了鼓励创业投资公司设立与发展的优惠政策，筹备建立了总额1.7亿元的红桥创投基金、总额6100万元济宁高新创业投资公司、总额12亿元济宁久有创投基金等，进一步拓宽和完善了新兴产业投融资渠道，促进了新兴产业快速发展。