但在这一周期中，兖矿不仅未能从中国煤企翘楚的位置上向“全球五百强”更进一步，还在陕蒙、新疆等新晋煤炭资源大省中尴尬失位。
2013年12月11日，在兖矿书画研究会所驻的二层小楼里，原兖州矿务局副局长赵钟铎接待了来访的《能源》杂志记者。
“那个时候兖矿的利润占全行业利润要超过一半。”赵钟铎1997年离任副局长职务，此后担任兖矿研究员三年，2000年完全退休，正与上世纪末国内煤炭行业困难时期重合，而这却恰是兖矿最辉煌的时间。历史资料显示，兖矿在1998年利润占全行业利润58%，1999年占行业盈利企业盈利总额90%。兖矿的声誉在这一时期达到顶点。其时董事长赵经彻在2001撰写兖矿战略构思，目标直指“世界十大煤炭生产商”。
但2001年恰是一个新的战略期的开始。国内煤炭市场回暖，数年之后国内开始出现大面积的电荒，煤炭供不应求。2002年底至2003年初，前期关停大量小煤矿之后，政策开始鼓励发展大型煤炭企业集团，建设大型煤炭基地。东北、京津、华东、华中被列入东部调入区带，晋陕蒙(西)则划入中部煤炭调出区带，西南、西北属于西部煤炭后备区。
面向三西(山西、陕西、蒙西)的煤炭开发至此拉开序幕。事实上，由于山西资源开发倾向本地企业，资源的争夺更多集中在陕西和蒙西。回顾那段历史，一位煤炭专家感言，“谁抓住了陕蒙，就决定了它在未来三十年的发展。”
依托自身所有的神东矿区，神华集团持续对外收购，并创新模式，采用租赁手法获取探矿权，抢占煤炭资源。从1995年创立到2003年，神华煤炭产量增长了40倍，并于该年突破1亿吨，成为国内首个亿吨级煤炭企业。
兖矿则走向了不同的方向。从赵经彻1997年提出“煤与非煤并重”，经历1999年收购鲁南化肥厂，兖矿将未来的战略重心放在了煤化工之上。在2003年，兖矿提出8年投资400亿，形成煤制油、甲醇、醇酸等大规模生产能力。
但煤化工未如初始预期那般给兖矿带来巨额利润。上世纪末煤市低迷期，发展非煤产业度过寒冬观念开始兴起，此后陕蒙等产煤大省“就地转化”政策亦促使形成“逢煤必化”局面，大量投资涌入煤化工。如甲醇、醋酸经历短暂暴利期后，即陷入行业性亏损。
兖矿曾对煤制油寄予厚望。依托自身煤气化经验，到南非沙索公司挖角，兖矿号称已掌握低温费托合成油技术自主产权，并在榆林规划远景1000万吨/年煤制油项目。但令兖矿始料不及的是，该项目遇上发改委控制煤制油政策，截至目前尚未审批通过。
2005年之后，由于本部资源日趋枯竭，而省内巨野煤田也瓜分完毕。兖矿不得已走向省外。但此时已错失最佳时期。2007年往后，兖矿逐渐在外有所斩获，但此时资源瓜分已接近尾声。兖矿最重要的收获在2011年。该年兖矿通过公开竞标陆续获得鄂尔多斯石拉乌素井田和转龙湾井田，中标价格亦当时创下一个新的高点。前者耗资66.49亿元，后者为78亿元。
从前期缄默无为到后期巨资进入，兖矿错失了资源扩张最宝贵的时间。神华则以煤炭黄金十年最大的得利者遥遥立于煤炭行业顶端。早前兖矿鼎盛时期，神华内部对标兖矿进行赶超，如今则变为兖矿对标神华，只是差距越拉越大。2013年，神华产量超过4亿吨，兖矿产量7600多万吨，其中2600多万吨尚来自澳大利亚。