兖州高度重视医疗卫生事业发展，着力深化医疗卫生体制改革，医疗卫生事业持续保持健康快速发展的良好态势，群众对卫生行业满意度明显提升。
兖州扎实推进基本医疗保障 制度建设，全面提升新农合保障水平，逐力推行国家基本药物制度，切实减轻群众就医负担。在2014年起，兖州实施新型医疗制度，逐步实现覆盖全区居民，新农合筹资标准由2004年的每人20元提高至2014年的每人400元，政府补助标准由每人10元提升至每人320元，参合率连续多年保持在99%以上，住院报销比例不断提高，全年住院最高支付限额达到十五万元，住院报销比例最高达到85%，取消70周岁以上农村居民新农合缴费，农村百岁以上老人在兖州免费住院治疗。
从2010年3月开始，在全省率先推行国家基本药物制度，各镇卫生院街道社区卫生服务中心全部配备使用523种基本药物，实行药品零差率销售。
兖州不断加强卫生服务体系建设，优化完善三级医疗卫生网络，积极稳妥推进区人民医院公立医院改革，兖州区政府与华勤集团双方共同注册成立非盈利型医院，同时启动品牌战略，与台北大学附设医院、上海瑞京医院、北京友谊医院、山东省立医院等建立多元协作关系。
5月份区政府、华勤集团与济宁医学院达成战略合作协议，人民医院成为济宁医学院附属医院兖州院区和济宁医学院实践教学医院，近期又通过了济宁医学院非隶属附属医院预评审工作，形成医教研三位一体的现代化医院发展基础。同时医务人员积极性得到调动，广大群众就医环境明显改善，医疗费用持续下降，逐步显现了惠民利民效果，全面落实公共卫生服务项目，促进基本公共卫生服务均等化。
每年组织举办等公共卫生项目骨干培训班，对医务人员进行多伦分层次系统培训，印制8万册兖州居民健康管理手册，分发至各单位村居，举办健康知识讲座等宣传活动，引导群众主动参与公用卫生服务项目，深入推荐11项基本卫生服务，广大人民群众健康水平不断提高。
兖州创新开展重大公共卫生服务项目，自2010年起，兖州在全省率先免费为全区35到59岁农村妇女进行宫颈癌和乳腺癌筛查，实现农村妇女两癌早发现，早诊断和早治疗。2012年在全省率先建立城乡适龄妇女两癌筛查长效机构，每两年免费为城乡适龄妇女提供一次两癌专项检查，至2001年起，在全省率先为全区城乡6到12岁儿童免费实施窝沟封闭预防龋齿，不断巩固完善免费婚检制度，2009年以前兖州免费婚检率达到99%以上，免费实施城乡妇女孕前孕早期项目，有效预防新生儿神经管缺陷，对农村妇女分娩进行补助，实现即时发放。2013年开始对怀孕15到20周孕妇的产前筛查，基因检测，进一步减少初生儿出生缺陷，提高优生优育水平。从2014年开始在全省率先实现幼儿园免费查体工作。