南勇“进去”了，谢亚龙则在人们的怀疑中消失。作为曾经的中国足协高层重量级人物，他们之间是怎样微妙复杂的关系，又经历了怎样的斗争？谢亚龙此次“失踪”与南勇有关系么？北京一位知情人士给出了否定的答案。
上任之初，谢亚龙的工作处处受到阻力，最大的阻力就来自于南勇。后来，谢亚龙和南勇都曾到总局相互告状。谢亚龙认为，正是因为南勇这样在足协多年的领导，成为改革和做事的阻力；南勇则认为，谢亚龙根本不懂足球，很多工作都是盲目而为。正是在和南勇的斗争中，谢亚龙汇报了“南系”、“杨系”的问题，矛盾更加突出。
2007年7月17日，谢亚龙和南勇都在吉隆坡督战国家队征战亚洲杯。对朱广沪准备的打乌兹别克阵容，南勇表示反对，他派人和朱广沪交涉未果。18日下午的准备会上，南勇又表示对首发不满，但他刚谈了一半，就被谢亚龙粗暴打断。中国队最终0：3惨败出局。当年8月25日，足协全体大会对亚洲杯进行了总结，南勇在会上发言时矛头直指谢亚龙，他说队委会之所以没有发挥作用，朱广沪没有及时得到阻止，就是因为谢亚龙当时打断了他。从此，两个人的矛盾公开化。后来，谢亚龙更加不相信南勇，并收回了国家队和08国奥的主管权，由他亲自过问队伍的具体事宜。谢亚龙后来得知，自己被媒体打分不及格，暗中有南勇和几名谋士谋划的成分。
谢亚龙在任期间的最大败笔，是爱福克斯冠名2006年中超联赛一事，目前很多声音认为是南勇一手包办，事实上是中国足协主席办公会议做出的最后决定，而主持会议的当然是一把手谢亚龙。可以说，在足协的4年里，谢亚龙是很想干一些事情的，但很多事情他自己不能掌控，最终扮演的是一个办公室主任的角色。他没有机会和能力操纵比赛，俱乐部也不敢到他那里送礼，所以他可能是个庸官，但不可能也没机会做一个贪官。
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