彭剑2005年开始做方舟子的律师，他说，“方舟子的社交圈子其实很窄，和人交往主要出于公事，他几乎没有多少私交的朋友，春节，假如能收到方舟子寄来的用女儿照片制成的贺年卡，即表明他认同你是朋友了。”显然，彭剑是为数不多收到过贺卡的人。
“方舟子10年打假，把该得罪的人全都得罪了。”彭剑感慨地说，“方舟子是中国树敌最多的人。”
“方舟子为了科学不要朋友”
44岁的刘华杰是北京大学哲学系教授，是国内最早接触方舟子的人之一。1999年前后，刘华杰、江晓原等一批青年知识分子组成的学术圈子，热情地把方舟子介绍给国内读者。但是现在，他们形同水火。
闻听方舟子被袭，刘华杰说，“打人肯定不对，就像骂人不对一样。但是说句俏皮话，从保护生物多样性的角度，方舟子也应该保护。这种人太少了。”言语间的“刻薄”显示，双方有过极深的裂痕。
1994年，方舟子在美国创办了世界第一份中文网路文学读物《新语丝》，开始网络写作。2000年前后，刘华杰、江晓原、刘兵、田松等京沪科学人文领域的青年学者，注意到了活跃在海外互联网上的方舟子，“他有生物背景，文笔也不错，批学术腐败、批伪科学，当时我们都很欣赏他，甚至可以说喜欢他。”北师大副教授田松说。
1999年，刘华杰在网上采访了方舟子，文章发表在科学时报。属于较早推介方舟子的文章。
江晓原当年为方舟子的《溃疡——直面中国的学术腐败》一书写序，将方称为快意恩仇的“少侠”。方舟子当仁不让，“这个称呼比较对我口味”。
田松认为，方舟子一直有过去时代特有的那种英雄主义和理想主义情结，一如《天龙八部》的慕容复，有领袖欲。
方舟子有生物学背景，对人文和科学问题感兴趣，他们认为方加入这个圈子，学术上能起到互补。但实际双方并没有一拍即合。
刘华杰说，从最初惺惺相惜，到后期分道扬镳是多种因素促成的。“过去的很多事说不清楚，有很些是鸡毛蒜皮的小事。”
国内资深的科普作者陶世龙回忆，方舟子和刘华杰等人的分歧，根本原因是学术的争议。
导火索之一，2001年一次“科普图书奖”评比中，清华大学教授刘兵推荐了一本《美梦还是噩梦》，方舟子给每个评委写信，说明这本书的作者并非权威，而是一本站在反科学兼伪科学立场攻击遗传工程的著作。此事引发了方舟子和刘兵及其学生的论战，后期刘华杰、田松等人也加入到对方舟子的口诛笔伐。方舟子称对方为“反科学文化人”，指责刘华杰搞匿名攻击，“由反伪科学走向反科学”。而刘华杰等人称方舟子用科学的帽子打压人。一场混战之后，双方就此别过。
刘华杰称，“现在朋友之间看法不一样的多的是！但是为什么我们之间没有翻脸，为什么大家都跟他翻脸了？作为一家之言完全可以讲，但如果方舟子以科学的名义，认为只有他的东西是对的，好像真理在握，那就不行了。”
方舟子否认自己是一个科学主义者，强调：“在中国现在最缺的是科学，而不是科学太多了。我们在需要用到科学的地方，就要讲科学。现在中国的问题是，在必须讲科学的地方，他不讲科学，你跟他讲科学，讲道理，他就指责你是科学主义。”
刘华杰说：“开始我和方舟子一样，对伪科学恨之入骨，也是批斗打，很多人找我算账。现在回头看，这么解决不是办法。这个社会是不健康，不然为什么骗子都打着科学的旗号？邪教、迷信，都贴科学这个词。而方舟子，必须捍卫科学这个词。”“有没有科学依据”，成为方舟子日后打假的一个支点，也成为他为人诟病“一棍子打死”的罪证。
这场争论仅限于文人式的笔伐。刘华杰等人和方舟子从没有发生面对面的争吵，“大家见面还不会吵。方舟子结婚的时候我也去了”。
论战中方舟子显露出的逼人气势让刘华杰记忆深刻，“你见到他本人感觉一点也不强势，但是文章则锋芒毕露。为了真理完全不顾朋友。我说他不了解社会，一直生活在网络上。因为虚拟世界不需要朋友。方不在现实中生活，常常一个人，像匿名发帖一样，觉得有没有朋友无所谓，方舟子应该是网络的牺牲品！比如咱们是朋友，不能因为科学问题不要朋友了。但是方舟子能够为了科学不要朋友。 ”
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