这个阶段的方舟子毁誉参半。一方面针对打着高科技旗号的商业欺诈屡有斩获，另一方面，因传统之名的风水、中医爱好者又对方舟子颇有怨言，展开集体围攻。另一名老科普作家郭正谊还记得，实际上，当时方舟子已经面临人身攻击的威胁。“方舟子当时在新华书店发布新书，头天夜里，就有4个人摸到方舟子家门闹去了。”
关于伪科学的争论，陶世龙说，中医、风水，在中国民间有着强大的土壤。“(方)有些事不太策略，打击面大一些。有些事情不能急，要一步步来。中医的问题，100年来都没解决，现在一下子也不能解决。要留给时间去解决。方舟子花了很大力量批评中医，后来才渐渐少一些。我看他最近对中医的看法就好多了。其实你抓唐骏、李一，这些社会效果更好。但是你不能这么要求方舟子。他自己接触到看到什么就搞什么。如果都讲究策略就不叫方舟子了。”
那个说真话的孩子
“他就是一个喜欢说真话的人。”陶世龙说。也有人认为方舟子是一个在沉默的大多数里，像安徒生童话中那个说皇帝没有穿衣服的孩子。
北师大副教授田松学物理出身，在报社做过记者，“我接触过有权威的科学家剽窃、伪造数据、压制学生和同行的案例太多了，但是国内媒体对此完全失语。在2000年前后，方舟子利用新语丝，对中国的基本学术道德提出批评，把这些事捅出来，在当时起到了重要的积极作用。”但是，田松认为：“自从2005年以后，随着国内互联网的发展，个人博客的兴起，方舟子已经不是不可替代的了。并且，由于方舟子的打假存在理论和实践上的双重问题。他的打假对于制度建设没有帮助，打假与打人、公仇与私愤，在新语丝分不清；甚至对某些人无中生有。所以现在，方舟子的存在对于中国学术界来说，不仅毫无益处，而且有害。”
常在河边走，哪能不湿鞋。在越来越多的打假中，方舟子官司缠身。彭剑称，最多的时候“同时有几个案子开庭”。后来新语丝专门成立了一个基金。彭剑称，这笔钱主要用于支付因为打假败诉引发的赔偿。袭击事发后，律师正在考虑为方舟子出行配备保安，但方舟子并没有过多担心，“该怎么做还是怎么做”。
突如其来的袭击事件，多少改变了方舟子天马行空的生活，按计划，8月31日晚上，方舟子要到中关村出席一个IT界的活动并发表关于互联网的演说。到了下午，他临时决定取消：“这个时候去显然不太合适。”
为了打假，遭遇肉体袭击，还失去了自由活动的乐趣，尽管有心理准备，但是方舟子或许没想到会付出如是代价。
刘华杰说，其实方舟子凭自己的才能，可以生活得很好，至少可以在高校或者研究机构谋个职位，但是方选择了打假。他认为方舟子过得并不如意，连说， “可惜了。”刘说：“写稿能挣几个稿费？科普书在中国也不会是畅销书。中国传统社会是根本不讲科学的。所以你可以感觉到方舟子宣传科学，不是社会真正欢迎的东西。”
方舟子的生活很简单。开的是普通的丰田车，住的是二居室，物质上没什么很高的追求。他以前最希望拥有的奢侈品都是一些篇幅巨大或非常昂贵的书籍，包括《不列颠百科全书》、《牛津英语大词典》、《明实录》和二十四史，曾经在图书馆看到一直想有一套，但买不起也摆不下。
方舟子的作息习惯是下午睡觉，晚上工作。和“消灭中国传统文化”的指责相反，方舟子对传统的陈氏太极拳很有研究，几乎每天习练，身手还算敏捷，所以在此次袭击时得以侥幸脱身。
方舟子多次表示，自己其实不愿意打假，最大的愿望，是重新翻译一遍《进化论》。他说：“说实话，我有时候感到沮丧，因为在学术领域的打假，即使证据确凿，一旦涉及到体制内的打假，很多都不了了之。”而新语丝被屏蔽，只能通过镜像阅读，也被看作不被体制支持的例证。
但是已然欲罢不能。从最早打学术腐败，后期方舟子的打假范围扩大至公众人物，如唐骏、李一。方舟子开了微博，和新语丝并肩作战，刀锋过处如切瓜剁菜。几乎每一次打假都给方舟子带来新的声望，但是危险也在悄然扩大和逼近。好心人也在提醒方，“战线拉得太长了”，但是方舟子的微博上的留言将他的个性展露无遗：没有兴趣听取关于为人处世的任何忠告。
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