而柴静则认为，“方先生行文说话的风格有争议，但作为一个记者，我认同他‘对真相要有洁癖’的说法，真相不能附加任何前提，不能强制要求真相长着一张慈眉善目的脸，那样的结果很可能是普遍虚伪的产生。”
“方舟子优点和缺点同样突出。方舟子的优点就是他的缺点，如果都去掉就没他的特点了。”陶世龙说。
由学术分歧到个人恩怨，方舟子没能归属于任何一个小圈子。他像无法找到大部队的堂吉诃德，孤身挑战一个又一个风车。方多次表示，自己不适合按部就班的生活。网络写作、打假、自由支配时间的这种工作方式最适合自己。
得罪众人的打假
方舟子自己最难忘的一次打假，是2001年上半年揭露核酸营养品骗局的案例。这是他扬名立万的处子秀。
他曾说：“当时刚刚开始打击学术腐败，涉及的案例还不多；这个案例牵涉到了众多生物化学界的人士，一个学过生物化学的人都知道是骗局的东西，竟然有那么多中国的生物化学家在为之捧场、狡辩，令我这个学生物化学出身的人感到震惊。”这个案例涉及了广大消费者的利益，也引起了南方周末等媒体的监督报道，各媒体的报道持续了近半年时间，后来连卫生部、国家工商总局都出来发了通知，影响比较大。方舟子回忆：“美国《科学》杂志因为这个事件专文报道了我在网上打击学术造假的事迹。很少有中国人有过这种殊荣。”
新语丝几乎称得上中国最大的学术打假举报平台。一位匿名人士称，“为什么大家都去新语丝举报，因为我们国家正常举报没有用。比如举报领导学术腐败，基本是白费。所以人们匿名到方舟子那里举报，这样是最痛快的途径。换句话说，是体制问题造就了方舟子，出现这样的人，是因为整个社会纠错机制出了问题。”
方舟子至少成功开辟了两条打假路径。一是科研机构的学术腐败。这是方舟子的长项，他熟知科研规则，从基因皇后，到论文造假，几乎弹无虚发。而另一条战线则集中揭露伪科学、中医、风水，方舟子遭遇了来自民间的强大阻力。
中国科学院自然科学史研究所的研究员宋正海，曾经写过《令人深思的“蒋春暄现象”》，推介航天工业总公司二院的蒋春暄高级工程师，称其数论成果堪比诺贝尔奖。方舟子公开批评蒋春暄没有发表权威论文，没有得到学界认可，不符科学规则，至多归为“民间科学家”之列。宋正海指责方舟子滥用了科学概念，动不动就把民间研究、中医斥为伪科学。对中国的自主创新科研打击很大，他说，“其目的是消灭中国传统文化”。
中国气象科学院研究员任振球认为地震可以临报，方舟子斥为伪科学。双方多次公开辩论。任振球对方舟子耿耿于怀，“我怎么评价方舟子？他是汉奸，最大的汉奸。他拿西方人的钱来反对中国的自主创新。”
2005年之后，关于“伪科学”的争论越演越烈。2006年底，宋正海等人联名给中央写信，要求从科普法中剔除“伪科学”，并和方舟子多次在公开场合辩论。
记者参与过凤凰卫视“一虎一席谈”在2007年初主办的一场电视辩论，方舟子参加了第一场辩论。双方几乎发生了肢体冲突，现场充满火药味。反方的一位老先生气得浑身发抖，中途退场。剧组甚至请来了医疗救护队以防不测。
宋正海说，“为什么这么多人对方舟子不满甚至憎恨？因为很多人一辈子的研究成果，被方舟子用‘伪科学’一棍子就给打死了。”
宋正海等人一度怀疑方舟子受到了来自美国敌对势力的资助，曾经去查，但是也没查出什么。
当时方舟子从美国回到国内结婚成家。最早主要靠写专栏和出书挣钱。2004年，方舟子开始在《北京科技报》开设“方舟子快评”，这个栏目后来还获得过北京市新闻奖优秀专栏奖，是当时方舟子在国内较早的科普专栏。但是他犀利的文风和不留情面的批评，也引起一些人的反感甚至不满。甚至有订户打电话到北京科技报社，抗议每周一篇的方舟子专栏，称如果不撤掉方舟子反中医反伪科学的言论，就拒绝继续订报。
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