“十二五”期间，国家将农业源减排纳入总量减排管理考核体系。从兖州市排放结构看，畜禽养殖业主要水污染物排放量占全兖州市排放总量的50%以上，畜禽养殖业已成为兖州市水污染物排放的主要来源。经过多年治理，兖州市主要水污染治理设施已基本建成，工业、生活水污染物排放已达较低水平，减排潜力不足；而“十二五”期间，由于兖州市人口、经济和能源消费的快速增长，污染物新增量较大。因此，畜禽养殖业污染物减排已成为兖州市“十二五”水污染物减排工作的主战场，直接关系到兖州市“十二五”减排目标的完成。兖州市委兖州市政府、兖州市环保局及各有关部门深刻认识到全兖州市畜禽养殖减排工作的重要性、紧迫性和艰巨性，增强大局意识和责任意识，进一步明确任务、突出重点、强化措施、多措并举，扎实推进畜禽养殖减排各项工作。
一是加强监管和组织领导，明确责任分工，确保农业源减排工作顺利进行。为防治畜禽养殖污染，保护和改善环境，保障人民群众身体健康，兖州市人民政府印发了《兖州市畜禽养殖污染防治管理办法》，对全兖州市畜禽养殖场进行规范化管理，对新建养殖场手续、禁止建设养殖场区域、养殖场污染防治设施建设、畜禽粪便储存设施、养殖场污染物排放等方面进行了严格规定；为深入挖掘农业源主要污染物总量减排潜力，做好“十二五”期间的污染物总量减排工作，兖州市人民政府于2012年9月又印发了《兖州市“十二五”期间畜禽养殖业与农村生活源主要污染物总量减排工作实施方案》，成立了兖州市“十二五”期间畜禽养殖业与农村生活源主要污染物总量减排工作领导小组，确立了减排工程调度制度；为顺利完成2013年度畜禽养殖业污染减排工作任务，兖州市畜牧局、兖州市环保局联合出台了《关于做好2013年规模化畜禽养殖污染减排工作的通知》，对2013年畜禽养殖减排工作做了具体安排；2013年8月，按照上级有关文件精神，兖州市政府办公室又印发了《关于加强畜禽养殖污染防治和总量减排工作的实施意见》, 建立了兖州市畜禽养殖减排联席会议制度，落实了工作责任，细化了畜禽养殖减排治理措施要求和减排项目档案建设标准，进一步明确任务、突出重点、强化措施，扎实推进畜禽养殖减排各项工作。
二是做好环境统计工作，摸清全兖州市农业源污染物排放基数。环境统计报表制度是依照《中华人民共和国统计法》的规定制定的一项重要统计制度，“十二五”环境统计报表制度在“十一五”报表制度基础上，新增了农业污染源特别是规模化畜禽养殖业调查内容。为全面落实“十二五”环境统计报表制度，确保按时上报2012年环境统计数据，兖州市环保局于2013年1月25日专门召开了由各镇、办相关负责人参加的农业源环境统计工作会议，对农业源相关报表作了专门讲解。会后又抽调多名技术骨干集中对上报数据进行审核、录入、汇总，按时保质保量地完成2012年环境统计工作。摸清了各养殖场的畜禽种类、饲养量、粪便处理利用方式及污染物排放情况，为引导兖州市畜禽养殖业科学发展提供了数据基础。
三是抓好畜禽养殖业重点减排项目，定期调度，确保顺利完成减排任务。根据济宁兖州市人民政府与兖州市人民政府签订的年度主要污染物总量减排目标责任书要求，在顺利完成2012年畜禽养殖业重点减排项目的基础上，2013年又将10家规模化畜禽养殖厂列入2013年重点减排项目。为确保减排醒目顺利完成，兖州市环保局会同兖州市畜牧局等有关部门，对各项目进行认真督导，定期调度，及时掌握各减排项目的最新进展情况，确保减排项目按时完成、正常运行，顺利通过上级环保部门的年终核查。