为贯彻国家、省科技创新大会精神，建设以企业为主体的技术创新体系，进一步推动产业优化升级和经济转型发展，在日前召开的全市科技创新与奖励大会上，市政府下发方案，在全市实施“331”企业创新工程。计划从2013年至2015年，采用大、中、小型企业分类服务、重点企业“一企一策”的服务方式，重点扶持30家大型科技创新示范企业，培育300家科技型“小巨人企业”，全市新增10000家科技型小微企业，力争全市高新技术产业产值实现翻番增长。
针对大型企业，重点是进一步提升企业核心竞争力，加快以高新技术改造传统产业步伐。以培植支柱产业和扩张骨干企业为目标，集中推进30家示范企业设立一批科技含量高、带动作用强的研发平台和科技项目，协助企业攻克一批重要的核心技术和自主知识产权，承担国家、省各类重大科技计划;针对大企业发展需求，制定个性化服务政策，力促大项目加快产业化进程，带动工业产业结构优化升级。
针对科技型中小企业，重点建设企业技术创新体系，提升其创新活力和创新能力，推动全市科技型中小企业快速壮大。采取大力度激励措施，集中科技平台、科技金融、科技人才三大资源，引导科技中小企业建立研发机构和产业化基地，积极开展产学研合作和自主创新活动，提升企业产品和技术水平，有效解决企业融资需求，力促一批中小企业快速壮大为“小巨人”，成为产业发展的中坚力量。
针对科技型小微企业，重点是鼓励创新创业，利用创业扶持政策、孵化载体培育、税收返还优惠、科技金融“天使基金”投入等措施，加快科技成果向现实生产力转化，培育一大批种子期、初创期的小微企业在济宁落地生根；做好小微企业发展的引导扶持，形成全市科技型小微企业蓬勃发展、高新技术产业后劲充足的良好局面。
在此基础上，充分发挥园区示范带动作用，推动全市经济园区创新发展。深化高新区“二次创业”，加快特色产业基地和各县区特色园区建设，建立和完善各类公共技术创新平台，引导、鼓励建立产业技术创新联盟，引进消化吸收再创新和孵化培育相结合，努力实现园区内高新技术企业创新能力和产业规模的同步提升。
在推进企业和产业发展的同时，大力优化创新环境，激励企业走自主创新之路。借助济宁市被国家科技部批复为国家级创新型试点城市这一契机，制定下发《关于支持企业提高自主创新能力的意见》、《关于实施知识产权战略推动创新发展的意见》等政策性文件，围绕企业创新和产业升级，在企业研发平台建设、产学研合作、知识产权奖励、税收优惠补贴、土地指标支持、创新创业激励等方面实施一系列大力度扶持政策。