非洲疾控中心是一个新的机构。实际上，从全球来看，“疾控中心”也是在SARS等流行病之后才逐渐为人熟知。非洲疾控中心于2017年1月31日正式成立，由非盟领导，总部位于埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴。它在成立之初就确立了具体职责，致力于在公共卫生监测、应急反应、巨大卫生挑战应对能力建设等领域，以支持非洲各国开展有效工作。
非洲疾控中心设立了5个区域中心，分别位于埃及、加蓬、肯尼亚、尼日利亚和赞比亚，这些区域中心协调各成员国工作。
2月，非洲疾控中心已在非盟要求下制定了非洲应对新型冠状病毒大流行的战略规划。战略规划中，非洲疾控中心需要努力协调非洲各成员国、非盟各机构、世界卫生组织和其他伙伴，确保资源整合、减少重复。同时需要基于证据的公共卫生策略开展新冠病毒监测、预防、诊断、治疗和控制等工作。
为此，非洲疾控中心内部成立了两个临时组织，一是非洲应对新型冠状病毒的专题工作组，其工作包括六个方面：病毒监测、感染防控、临床管理、实验室诊断、风险沟通，以及供应链和医疗用品采购。另一个是非洲疾控中心突发事件管理系统，负责与55个非盟成员国联系。
以检测能力为例，非洲各国对新冠病毒的检测能力相对较弱，特别是在疫情初期。1月，没有一个非洲国家能够开展对新冠病毒的诊断。2月初，非洲有两个国家具备病毒检测能力，一是南非的国家传染病研究所，另一个是塞内加尔的巴斯德研究所。目前，非洲已有43个国家开展了新冠病毒检测工作。
非洲疾控中心一直在加强并持续支持成员国开展检测，包括提供检测试剂。目前已有48个非洲国家得到了非洲疾控中心提供的新冠病毒检测试剂支持，下发了25000份检测试剂，另有63000份试剂将在近两周分发到非洲一些国家。
但随着确诊病例的增加，每一个确诊者的密切接触者也需要监测，检测试剂盒仍需补充。除了试剂盒本身，也需要其他检测辅助用品，比如采样拭子和运送培养基。目前一些非洲国家已经拥有了一定数量的检测试剂，但因缺少这些辅助用品，检测工作已受到影响，进度迟缓。
疫情监测方面，非洲疾控中心主要开展了一些培训工作，一是针对入境渠道，另一个是基于事件的监测。为加强航空方面应对新冠病毒的能力，整个非洲40%的航空公司接受了培训。
临床治疗方面，非洲疾控中心开设了网课，目前已有来自22个国家的299名临床医生接受了在线培训。
目前，非洲疫情还面临诸多挑战，比如越来越多的非洲国家已经出现社区传染，社区有潜在新冠病毒大流行的趋势。
此外，确诊病例数和受影响的国家还在不断增加，很多非洲国家还没有准备好应对疫情暴发，如医疗物资的储备，包括口罩、PPE（个人防护设备）、呼吸机等。
更重要的还有非洲历来的问题——薄弱的基础医疗设施和基础医疗服务，可能北非一些国家相对较好，但他们已在本次疫情中出现诸多困难。如果疫情继续恶化，薄弱的医疗设施和服务会成为非洲的最大问题。
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