然而当前，捉襟见肘的资金、庞杂的管理事物以及僵化的官僚体制，正使世卫组织运转乏力。
在此次新冠疫情应对中，世卫组织被质疑反应迟缓。3月11日，世卫组织宣布此次新冠疫情经评估可定性为“大流行”（pandemic）。较多专家认为，世卫组织“大流行”的宣布得太迟。杜克大学全球健康研究所常务副所长汤胜蓝更指出，世卫组织对“大流行”的宣布缺乏量化指标：“到底多少国家出现多少病例、多少病死数可以定性呢？”
《英国医学杂志》的一篇文章指出，就埃博拉病毒2018年在刚果民主共和国的爆发而言，世卫组织于2018年10月和2019年4月举行了会议，并建议不要宣布其为国际关注的公共卫生紧急事件（PHEIC），尽管在这两次会议时都满足宣布的标准。文章认为，世卫组织对疾病的定性，存在政治考量等不相关因素。
在此次疫情应对中，世卫组织总干事谭德塞2月初就呼吁国际社会筹集6.75亿美元，以增强发展中国家防疫能力，但到3月4日仅收到2.89亿美元。为继续筹资，世卫组织只得发起一项“COVID-19团结应对基金”，号召世界各地的个人、公司和机构直接捐款。
自上世纪90年代，美国便以世卫组织部分主张触犯其商业利益为由，削减对世卫组织的预算。近日，美国政府更在向国会提交的2021财年联邦政府预算报告中，将向世卫组织提供的资金支持从1.23亿美元减至5800万美元。
新加坡国立大学教授、新加坡前驻联合国代表马凯硕批评称：“如今，美欧都在饱受新冠肺炎疫情冲击，它们是时候严肃地扪心自问一下，数十年来削减对世卫组织的经费支持是否明智。”
20年前，在世卫组织的资金预算中，成员国分摊会费与其收到的捐款是持平的。而如今，成员国分摊会费仅占其总资金的20%左右。在其收到的捐款中，用于指定项目的捐款占比达80%以上。也就是说，这些捐赠大多带有附加条件，资金必须用于特定项目或疾病。
这些捐款有些来自希望提供额外捐助的成员国，有些来自教育机构、信托机构和慈善机构。在世卫组织2018-2019年预算来源中，捐款排名前三位的分别是美国、盖茨基金会和全球疫苗免疫联盟。
捐助资金远高于成员国分摊会费资金的弊端是，世卫组织的优先事项在很大程度上受到捐助者左右。盖茨基金会的首要任务之一是根除小儿麻痹症，世卫组织2016年的财政细目表明，其用于小儿麻痹症的资金是最充足的，占比为23.5%，其后才是疫情应对，占比15.3%。
英国传染病专家杰里米·法勒认为，世卫组织成为“一个完全受人尊重的组织”的最佳方式，是为全球公共卫生事务制定最高优先事项。慈善机构乐施会（Oxfam）的前首席执行官芭芭拉·斯托金指出，疫情应对应该是世卫组织的核心，“如果世卫组织不处理世界各地的卫生紧急情况，那么它的作用是什么？”
然而，根据美国广播公司（ABC）的报道，2016年建立的世卫组织卫生突发卫生事件规划（WHO Health Emergencies Program），也正是此次领导应对全球新冠疫情的部门，长期资金不足。该部门内部多次评估这会对世卫组织造成严重危害，因为“它无法充分管理多个、同时或连续的高级别紧急情况”。
在资金不足、无法掌控优先议程之外，世卫组织还被认为承担了超出其能力范围的工作。
伦敦大学国王学院的健康科学教授理查德·沙利文说，在世卫组织成立的1948年，全球健康治理的焦点就是控制传染病，“事情要简单得多”。“重要的是记住WHO的成立初衷是什么，非传染性疾病根本不应该在它的管理范围之内，” 沙利文指出。
然而，世卫组织正被其成员国决定的过于广泛的议程分散注意力。从晒伤、家庭暴力到克里米亚-刚果出血热和鼠疫，这种覆盖议题的复杂性，被认为是世卫组织功能失调的原因之一。“世界上没有任何组织能够覆盖所有这些主题，并保持足够的深度和权威性，” 杰里米·法勒表示。
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