在卫生和医疗教育部之下，各省医学院的董事会也就成为第二级管理层，医学院的医院则为大城市居民提供有针对性的医疗服务。
在医学院之下，为地区卫生网络。地区卫生网络负责管理地区卫生中心、地区公立医院、特别诊所等机构。地区卫生中心之下有农村医疗服务和城市医疗服务部门。
农村医疗服务的主要体现方式为医疗屋（Health House），也是农村地区患者首先就诊的地方。医疗屋一般配有常用药品、医疗设备、以及一男一女两名社区医务人员。这些社区医务人员也被称为Behvarzes，接受过两年专业培训，主要从事疫苗注射、妇幼保健、基本健康检查等工作。
到2019年，伊朗农村地区共设立了超过1.8万个医疗屋，驻有3.2万名社区医务人员，覆盖了95%的农村人口。遇到医疗屋无法处理的病患，工作人员会将其转至农村卫生中心，农村卫生中心无法处理则转入地区卫生中心。
城市中也设立了类似网络，包括医疗站（Health Post）和城市卫生中心。这一系统正是伊朗一直引以为傲的初级卫生保健系统，被称为“不可思议的杰作”。
该系统从1985年两伊战争期间开始设立。除了让农村居民享受免费基本医疗之外，也帮助伊朗大大降低了新生儿和孕妇死亡率。
伊朗约有8000万人口，目前有超过74%生活在城市地区。与农村相比，城市的初级卫生保健系统并没有取得很好的效果，患者逐级转院的机制并没有得到有效落实。但城市的医疗资源更为集中，大部分公立医院和几乎所有私立医院都位于城市地区。
伊朗的医疗机构主要分为三类：公立、私立和NGO。公立医院负责从初级到三级也就是医学院医院级别的医疗服务，私立机构主要负责城市地区的门诊医疗服务，NGO则针对儿童癌症、糖尿病等个别疾病提供专门服务。
国防部、石油部、伊斯兰革命卫队、提供社保服务的社会保障组织（SSO）等部门和机构还有自己的下属医院。到2018年，伊朗共有1117所医院、13万个床位、40万名医务人员。其中80%的床位都为公立医院所有。
在医疗保险上，直到1994年，伊朗有超过60%人口都没有任何医疗保险。但如今，不同职业背景的民众都有不同的医保系统。
独立运行的社会保障组织（SSO）是最常用的系统，主要分为养老金和医保两部分，目前伊朗有52%的人口从社会保障组织中受益。
社会保障组织的医保系统主要针对非政府部门雇员、自由职业者等就业人群及其家属，保费由雇员、雇主和政府共同分摊。参保人在社会保障组织下属的医疗机构就诊时享受免费医疗，其他医院和诊所为部分报销。最高时，公立医院的住院费能报销85%到90%。
政府工作人员和学生、军人及家属、农村居民则分别有不同的医保计划。2014年，总统鲁哈尼推出“鲁哈尼医保计划”以覆盖没有参加任何医保的居民。到2017年，该计划覆盖了近1100万人。
虽然覆盖面有所扩大，但伊朗的医保计划也因其繁复和政府投入不均遭到了诟病。
世界银行的数据显示，伊朗2016年的卫生总费用为360亿美元，占到当年GDP的8.1%。经济更发达的日本为10.93%、以色列为7.31%、沙特阿拉伯为5.74%，阿联酋仅为3.52%。
伊朗卫生总费用占GDP比重较高，尽管其中大部分为政府预算和医保资金，但自付费用（out-of-pocket）依然占到了35.5%。
医疗旅游热门地
在医学研究和创新领域，美国康奈尔大学、欧洲工商管理学院和世界知识产权组织发表的《2019年全球创新指数：创造健康生活——医学创新的未来》报告显示，伊朗在近130个经济体中排名第61位，高于沙特和卡塔尔。
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